Durante la Guerra Civil Española la situación geográfica de Los Molinos hace de este pueblo frente de guerra, ya que era paso natural del puerto de Guadarrama y de la Fuenfría de las tropas sublevadas al mando de Francisco Franco. Los Molinos estaba bajo mando republicano y la población fue evacuada a pueblos cercanos como Navacerrada o Moralzarzal.  El Archivo Histórico Municipal recoge como varios vecinos solicitan permisos para abrir nuevos negocios en el pueblo y alrededores de la estación del tren los meses previos al comienzo de la guerra. También las mantas y colchones que entregan al ejército en 1937, destaca Dña. Mercedes Toribio, la maestra, que entrega 3 colchones y 5 mantas. El alcalde fue Santiago Andrés Andrés y en el año 39 se suceden en el cargo Zacarías González (mayo); Evaristo Prieto (septiembre); Cándido Sanz (octubre), entre otros.

Entre 1937 y 1938 el bando republicano fortificó la línea defensiva en Guadarrama utilizando algunas casas de esta población y extendiéndose  paralela al Alto de Los Leones y la Peñota hasta Los Molinos. En esta zona  podemos encontrar hasta 10 bunkers, además fortines, trincheras y otras marcas dejadas por los soldados en la piedra. Ruta de los Búnkeres